I plugins sono scripts, ovvero dei piccoli programmi che girano all'interno di Graph e interagiscono con Graph. Ma un plugin può fare qualsiasi azione concessa al programma che lo ospita. Ciò implica che se Graph sta girando con 'diritti di Amministratore', è persino possibile scrivere un plugin in grado di cancellare l'intero contenuto del disco rigido! Ne deriva oculatezza nella scelta del plugin da usare e la raccomandazione di scaricare plugins solo da fonte sicura o perlomeno, prima di installarli, di controllare che il codice sorgente non contenga parti sospette.